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linux_centos安装openslide
阅读量:6828 次
发布时间:2019-06-26

本文共 2917 字,大约阅读时间需要 9 分钟。

hot3.png

系统环境:linux6.7+python3.6

方法一:直接使用yum安装+pip安装

centos的yum没有自带的openslide,可以使用阿里云的仓库:

1.更换阿里云:

备份之前的yum库:

mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backup

使用阿里云yum:

wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-6.repo

刷新yum仓库缓存列表:yum clean

yum makecache

在直接使用yum指令安装openslide(该指令安装的版本为3.2.6)

yum install openslide

最后使用pip3安装openslide-python

pip3 install openslide-python

方式二:使用openslide源码安装

1.下载openslide源码包(本次安装的为3.4.1):

https://openslide.org/download/

2.解压安装包:

tar -zxvf /mnt/data1/cell_cut/openslide-3.4.1.tar.gz

3.进入openslide文件夹,执行configure指令,验证安装环境

./configure

4.发现会报缺少一些package,需要通过yum安装这些package。

必要的安装库:zlib, libpng, libjpeg, libtiff, OpenJPEG 1.x or >= 2.1,GDK-PixBuf, libxml2, SQLite >= 3.6.20, cairo >= 1.2, and glib >= 2.16

5.centos自带的yum仓库好多包都下载不了,需要使用阿里云的仓库下载,参照方法一即可。

6.yum切换后,开始下载缺少的package:

yum install libjpeg-turbo-devel.x86_64yum install openjpeg-devel.x86_64yum install openjpeg2-devel.x86_64yum install libtiff-devel.x86_64yum install glib2-devel.x86_64yum install cairo-devel.x86_64yum install gdk-pixbuf2-devel.x86_64yum install libxml2-devel.x86_64yum install sqlite-devel.x86_64安装完后,再次执行./configure --prefix=/usr/local/openslide-3.4.1若还缺少package则继续安装下载,知道验证通过。执行 make && make install

7.安装成功后,再使用pip3安装python的openslide-python

pip3 install openslide-python

8.安装成功后,进入python的shell界面测试:

import openslide

发现lowlevel.py报错,找不到libopenslide.so.0文件。需要将openslide的lib放入classpath路径下

vim /etc/ld.so.conf--加入openslide的lib路径/usr/local/openslide-3.4.1/lib--刷新classpath缓存/sbin/ldconfig---再次验证,发现通过。

方法三:使用copy大法

前面我们通过源码安装了openslide,现在需要给其他机器也安装,则直接使用copy大法即可:已安装主机:name2待安装主机:data81.查找name中openslide的lib目录find / -name libopenslide.so位置:/usr/local/lib2.把name2中该lib包复制到data8上:scp -r root@name2:/usr/local/lib /usr/local3.lib中包含几个软连接,而软连接复制的话会直接被copy成文件,所有需要删除软连接文件,重新生成软连接,最终形成的文件要与name中/usr/local/lib一致:--删除软连接rm -rf libjpeg.so libjpeg.so.8 libopenslide.so libopenslide.so.0--生成软连接ln -s /usr/local/lib/libjpeg.so.8.3.0 /usr/local/lib/libjpeg.soln -s /usr/local/lib/libjpeg.so.8.3.0 /usr/local/lib/libjpeg.so.8ln -s /usr/local/lib/libopenslide.so.0.4.1 /usr/local/lib/libopenslide.soln -s /usr/local/lib/libopenslide.so.0.4.1 /usr/local/lib/libopenslide.so.0将/usr/local/lib加入到库路径下vim /etc/ld.so.conf/usr/local/lib再执行语句即可:/sbin/ldconfig4.安装完毕,再copy一个name2中的python3过来scp -r root@name2:/usr/local/python3 /usr/local5.建立python的软连接ln -s /usr/local/python3/bin/python3 /usr/bin/python36.启动python,测试openslidepython3>> import openslide报错,缺少libopenjp2.so.77.在name2上查找libopenjp2.so.7find / -name libopenjp2.so.7文件位置:/usr/lib64/libopenjp2.so.7检查libopenjp2.so.7是否是软连接ll /usr/lib64/libopenjp2.so.7发现libopenjp2.so.7是一个软连接,指向的是libopenjp2.so.2.3.08.copy文件libopenjp2.so.2.3.0至data8scp -r root@name2:/usr/lib64/libopenjp2.so.2.3.0 /usr/lib64创建软连接: ln -s /usr/lib64/libopenjp2.so.2.3.0 /usr/lib64/libopenjp2.so.79.再次测试,通过。

 

转载于:https://my.oschina.net/shea1992/blog/1829730

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